其二是教育应独立宗教。
教育🎀🍿讲究尊重个性，而宗教总是要🁒🅑🅹人盲从。教育追求前进，而宗教趋于保守，尤其是教会学校借办学诱使青年信奉基督教，更是害人不浅，所以教育要摆脱宗教的影响。
蔡元培是教育独立的积极主张者。
1922年初，🎹🕿🏜蔡元培在《新教育》杂志上发表《教育独立议》，提出：“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，🎿🖷毫不受各派政党或各派教会的影响。”
李石曾发🃁表《教育独立建议》，主张教💸🖬育立法采用议会制，教育行政采用合议制。
1922年2月，全国教育独立运动会在北京高等师范学校召开成立大会，发表教育独立宣言书，要求教育经费独立和教育制度独立。主张教育清高说、教育中正说、教育至上说的🞹人一般均持此观点。
蔡元培认为教育独立应该包括：
第一，经费独立，要求政府划出某项固定收入，专作教育经🍃费，⛟不能移用。
第二🎀🍿，行政独立，专管教育的机构不能附属于政府部门之下，要由懂得教育的人充任，不能因政局而变动。
第三，思想独立，不必依从某种⛂🗤🝩信仰或观念。
第四，教学内容独立，能自由♍🖞编辑🁒🅑🅹、自由🝔出版、自由采用教科书。
第🁭🉂🄢五，以传教为主的人，不得参与教育事业。
蔡元培关于教育行政独立的具体方案是：分全国为若干个大学区，每区🜔🁹设立大学一所，区内的高等🁿🚺专门教育，中、小学教育，社会🉥🈔教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。
大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会🝌议，处理各大学区间的事务。
教育部只负责处理经高等教育会⛂🗤🝩议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。
这里不难看出，蔡🖥🔬🃫元培在借鉴法国的大学区制。他的这一设想，也成为后来的南京国民政.府初期，实施“大学🐱区制”的框架基础。