就在云台山中喜气洋洋地操办刘宗敏的婚礼时，辽海中的广鹿岛周围，正在进行一场辽变以来最大规模的海战。而交战双方，却是昔日的同袍兄弟。
孔有德感到深深的绝望，自从由登州出逃以来，就没有一件事顺过。
先是一部分叛军被孙元化拉了过去，突然开城放官军入内，导致孔有德、耿仲明有很多物资甚至家属都来不及装运，只得顶着北风仓促出航。
然后就是由于消息走漏，周文郁率领明军水师截击，令他们损失惨重。接着在北航的路上，风向各种不利，船只有沉没的，有搁浅的，东江总兵黄龙又从旅顺出兵截击他们。
最后，一阵狂风把他们吹得七零八落，主力部队乘着残缺不全的船只漂到了广鹿岛。却发现在岛南的柳条沟湾中，停泊着一整支避风的明军舰队，尚可喜和金声桓用炮声热烈欢迎这些老战友的到来。
前有尚可喜和金声桓，后有追杀而来的黄龙和周文郁，孔耿叛军陷入绝望之中。尚金二人竖起了纳降旗，叛军只要弃舟登岸，就有暖屋热炕招待。毕竟大家共事多年，尚可喜和金声桓不愿意对叛军赶尽杀绝，这些士兵只要收编过来，就能成为他们的资本。
但是对于孔有德和耿仲明，没人希望他们活着。
孔有德指挥着自己的嫡系人马拼死抵抗，但明军人多船多，不断地压过来，将叛军船只一艘一艘夺取。
孔有德望见耿仲明的座船竖起了降旗，暗骂这家伙真是个蠢才，朝廷岂能饶得了他。但转念一想，也有可能是耿仲明的部下为了活命杀了他投降。
首恶必究，这是朝廷平叛的惯例。跟着造反的人投降之后不一定会死，尤其是向东江的老战友和孙元化这种比较讲信用的督抚投降。但是作为罪魁祸首的孔有德和耿仲明，即便投降也绝无生路。
尚可喜的部队打得格外卖力。之前在旅顺兵变中，尚可喜站队到了总兵黄龙那边，杀了耿仲明的堂弟耿仲裕，大大得罪了孔有德和耿仲明。尚可喜的父亲尚学礼九年前死于和金军的战斗中，不久前兄长尚可进也殉国了。孔有德、耿仲明身为东江旧人，竟然想卖国投敌，正触尚可喜之怒。这次狭路相逢，正好新仇旧恨一起算。
此时的尚可喜怎么也想不到，他日后卖国会比孔有德和耿仲明卖得更彻底。
孔有德的座船缓缓下沉，士兵们纷纷夺小船或跳水逃生，但孔有德却并未逃跑。反正也无处可逃，还不如和自己的战舰共存亡，起码死得干脆。随着这艘大船慢慢入水，渐渐只有桅杆露在海面上，历时一年多的登州之乱彻底平息了。
为了消灭登州叛军，明廷损耗兵马钱粮不计其数，孙元化斥巨资苦心经营的登州新军也不复存在。登州这一辽东前线的后勤基地遭到严重破坏，没有几年的用心经营时间不能恢复元气。
利用登州之乱的机会，王自用、李自成等农民军转战晋豫，取得了不小的战果。在关外，皇太极也丝毫没有浪费时间。
大凌河之战结束后，皇太极很快就开始对蒙古察哈尔部用兵，击败林丹汗，一路追至归化城。大量蒙古人被金军俘虏，皇太极特意强调勿杀降，勿分散人妻子，勿夺人衣服财物。但是金军经过长途远征，粮食耗尽，又没有遇到大规模的兽群，无从补充食物，只得掠夺蒙古牧人的牲畜。因为养不起那么多俘虏，杀降事件也屡有发生。