刘邦对萧何，知根知底。沛县起义初期，萧何其实已经组织起来、已经成为领袖，自己这个沛公其实是萧何让来的，后来才成为砀郡长、武安侯，又成为汉王、皇帝。如此追根溯源，这个皇帝岂不就是萧何让来的？！萧何或许也会这样想，那就一定后悔的要死。
后来萧何推荐韩信成为大将军，又坐镇关中掌握兵员、粮草。刘邦一开始并没有意识到其中危险，直到彭城大败兵打光了，萧何从关中输送而来的时候，才感觉可怕。大将军为丞相推荐；兵员粮草又在丞相掌握之中，这太可怕了。如果萧何和韩信联手，哪里还有他立锥之地？而在他和萧何之间，韩信听谁的，又何须问？！他一直担心，哪一天两个人会携手而来、笑呵呵地请他让座，那他还真就只能笑呵呵地站在一旁听吆喝了。
从此，无论军情如何，刘邦始终有一只眼睛盯着萧何。
他对萧何的不放心第一次表现出来，就是彭城大败之后。一边依靠萧何输送兵员、粮草在中原与项羽相持，一边数次派使节回关中慰劳丞相。
萧何在关中已经建成了完整的政府机构，也有出谋划策的。其中鲍生对萧何说：“王暴衣露盖，数使使劳苦君者，有疑君心也。为君计，莫若遣君子孙昆弟能胜兵者悉诣军所，上必益信君。”萧何依计行事，将全族兄弟子侄数十人悉数派往刘邦身边，是从军，也是人质。刘邦大为高兴并记在心中，胜利后大分封时特别加以封赏，萧氏一门十余人悉数成为有土有民的封君。
刘邦可谓用人也疑、疑人也用的高手。将萧何视为第一功臣是真心，该如何赏赐就如何赏赐；怀疑萧何也是真心，该如何防备就如何防备。战争年代有怀疑，还是以相信依靠为主；胜利后、特别是韩信事件之后，自然不能不用，但以怀疑为主。
在燕代前线获悉韩信被杀，刘邦最先想到的就是萧何。立即派出持节使者回到长安，“拜丞相为相国，益封五千户，令卒五百人、一都尉为相国卫”。这是加官进爵之外，相应提高了警卫规格，给萧何配备了一个加强的警卫营。当然是对参与杀害韩信的报酬，但也是不放心。
众人都来相府祝贺，惟召平担心，对萧何说：“祸自此始矣。上暴露于外而君守于中，非被矢石之事而益君封置卫者，以今者淮阴侯新反于中，疑君心矣。夫置卫卫君，非以宠君也。愿君让封勿受，悉以家私财佐军，则上心说。”召平资格很老，对军中人事了然于胸。萧何立即又依计行事。
人以类聚，物以群分。萧何身边的谋士都和萧何差不多，充其量不过是钻制度空子、为自己打算，绝无谋反可能。刘邦对这样的人都不能放心，心理可能有点问题了。但他的办法也有与人为善的一面，晋封为相国，就是将能给的全部给了，确保对方一人之下、万人之上的位置，以换取对方的忠诚。这是刘邦和后世君王的重要不同——不仅依靠帝王心术，更主要的是以心换心、等价交换。至于韩信，实在是功劳太大了，等价交换就得把皇帝给人家，那他就舍不得了。
刘邦接到萧何以全部家财充公的报告，先是大喜，转眼就高兴不下去了。好似下棋，自己费尽心机想了一招，对方立即就看出来了。看出来就看出来，你看出来我也得这么走，脸不红心不跳，我就是得看着你。刘邦无师自通，极可能是古来第一个统一集中警卫权力的皇帝，等于将最高统治集团成员全部管控起来了，俯首帖耳，自然是高官显贵；试图抗衡，眼睛一眨就是阶下囚徒，官邸顷刻就成监狱，警卫立地变作看守。
刘邦每逢率军出征就对萧何不放心。汉十二年秋，英布反，刘邦又率军出征，萧何的职位已经无可再加，便经常派使者回长安问询相国在干什么。
萧何一如既往，“乃拊循勉力百姓，悉以所有佐军”。这是又一次将全部家财充公。身边谋士认为这已经不够了，提醒说：“君灭族不久矣。夫君位为相国，功第一，可复加哉？然君初入关中，得百姓心，十余年矣，皆附君，常复孳孳得民和。上所为数问君者，畏君倾动关中。今君胡不多买田地，贱贳贷以自汙？上心乃安。”这属于自虐。萧何也还是依计行事，刘邦也还是大为高兴。
刘邦对萧何最不放心的是能得民心，他当亭长时对这一点就深有体会。萧何自污已经是不惜代价了，他也还是不能放心。
刘邦平定英布回到长安，又发生了下面这样的事：
上罢布军归，民道遮行上书，言相国贱强买民田宅数千万。上至，相国谒。上笑曰：“夫相国乃利民！”民所上书皆以与相国，曰：“君自谢民。”相国因为民请曰：“长安地狭，上林中多空地，弃，愿令民得入田，毋收槀为禽兽食。”上大怒曰：“相国多受贾人财物，乃为请吾苑！”乃下相国廷尉，械系之。（此处械系也是戴木制刑具在街头示众。）
数日，王卫尉侍，前问曰：“相国何大罪，陛下系之暴也？”上曰：“吾闻李斯相秦皇帝，有善归主，有恶自与。今相国多受贾竖金而为民请吾苑，以自媚于民，故系治之。”王卫尉曰：“夫职事苟有便于民而请之，真宰相事，陛下奈何乃疑相国受贾人钱乎！且陛下距楚数岁，陈豨、黥布反，陛下自将而往，当是时，相国守关中，摇足则关以西非陛下有也。相国不以此时为利，今乃利贾人之金乎？且秦以不闻其过亡天下，李斯之分过，又何足法哉。陛下何疑宰相之浅也。”高帝不怿。是日，使使持节赦出相国。